Comisiones de Transbank, Mercado Pago y Flow en Chile (2026)

Si vendes online en Chile, cada venta pasa por una pasarela de pago, y cada pasarela se queda con una parte. El problema es que esa parte casi nunca se publica de una forma que se pueda comparar: unas tarifas vienen con IVA y otras sin, unas cambian según el tipo de tarjeta, otras según cuántos días esperas tu plata, y algunas suman un cargo fijo por transacción.

Este artículo junta las comisiones de las pasarelas más usadas en Chile, verificadas en el sitio oficial de cada una entre el 3 y el 5 de octubre de 2026, y las convierte a lo único que sirve para decidir: cuánto te cuesta de verdad una venta.

La respuesta corta

• Con tarjeta, para una pyme la referencia más baja y segura es Webpay Plus de Transbank, sobre todo si tus clientes pagan con débito: es la tarifa que Transbank publica para comercios nuevos. Klap muestra tarifas más bajas para su checkout, pero son referenciales y dependen de una evaluación comercial, así que con poco volumen no están garantizadas.
• Mercado Pago y Flow cobran lo mismo a todas las tarjetas, y cobran más si quieres la plata rápido.
• Las transferencias están entre lo más barato: Khipu es la opción más económica de toda la comparación, y las transferencias de Flow y Venti cuestan menos que cualquier tarjeta en Webpay.
• Para contratar cualquiera de estas pasarelas necesitas inicio de actividades en el SII. Es una exigencia legal para los operadores de pago desde el 1 de octubre de 2025, y más abajo explicamos qué significa.
• Si vendes en Shopify, suma la comisión de Shopify por usar una pasarela externa, que en el plan básico es un 2% adicional.

Comisiones de cada pasarela, tal como las publican

Transbank además aplica una comisión mínima por transacción, de UF 0,003515 en crédito y UF 0,002260 en débito y prepago, que sólo corre cuando el porcentaje sobre la venta da un monto menor. En la práctica afecta a ventas muy chicas.

Mercado Pago publica además una tasa promocional de 2,23% en su link de pago para quienes lo usan por primera vez, con un tope de $3.000.000 en ventas y una duración de 90 días. Pasado eso rige la tarifa normal, así que no cambia la comparación de fondo y no está en la tabla de costo real.

Lo que de verdad pagas por una venta de $50.000

Las tarifas de arriba no se pueden comparar directo, porque el IVA se cobra sobre la comisión y algunas suman un cargo fijo en UF. Esta tabla aplica el 19% de IVA a cada una, convierte los cargos en UF con el valor del 3 de octubre de 2026 ($41.081,76) y lleva todo a pesos, sobre una venta de ejemplo de $50.000:

Entre el medio más barato y el más caro de esta tabla hay una diferencia de cinco veces, por la misma venta.

Cinco cosas que la tabla no dice sola

1. El tipo de tarjeta de tus clientes cambia cuál te conviene

Transbank y el checkout de Klap cobran distinto al crédito y al débito. Mercado Pago y Flow cobran lo mismo a todo. Eso significa que mientras más clientes te paguen con débito, más barata sale Webpay frente a las otras dos: en débito el costo real es 2,08% contra 3,44% en el mejor caso de Mercado Pago o Flow.

El dato de cómo te pagan tus clientes lo tienes en el panel de tu pasarela actual. Es lo primero que conviene mirar antes de cambiarse.

2. Tener la plata rápido cuesta 0,30 puntos

Mercado Pago y Flow cobran 3,19% si quieres el dinero al instante o al día siguiente, y 2,89% si esperas. Sobre una venta de $50.000 son $178 de diferencia. Si tu flujo de caja aguanta esperar, es plata que te ahorras en cada venta. Si no aguanta, es el precio de no endeudarte.

3. Las transferencias son lo más barato, pero no las usa todo el mundo

Una transferencia por Khipu cuesta menos de un tercio de una venta con crédito en Webpay. La razón es que no pasa por las redes de tarjetas. El límite es que no todos tus clientes van a querer pagar así, así que funciona como opción adicional, no como reemplazo de las tarjetas.

4. Las cuotas sin interés las pagas tú

Cuando ofreces cuotas sin interés, el interés no desaparece: lo absorbe el comercio. Flow, por ejemplo, suma 1,99% + IVA para 2 y 3 cuotas, 3,49% + IVA para 4 a 6, y 6,99% + IVA para 7 a 12, encima de su tarifa base. Pueden subir la conversión en productos caros. Conviene hacer la cuenta antes de activarlas en todo el catálogo.

5. Una tarifa referencial no es una tarifa firmada

Klap publica para su checkout las tarifas más bajas de esta comparación en tarjetas: 0,71% + UF 0,0022 + IVA en débito, y 2,88% + UF 0,0083 + IVA para tarjetas internacionales. Pero hay tres cosas que conviene leer junto con ese número. La página donde las publica se presenta como soluciones de pago para grandes comercios. Las tarifas vienen marcadas como precios referenciales, sujetos a evaluación y confirmación comercial. Y no dice qué volumen de ventas se necesita para obtenerlas.

En la práctica, una pyme que recién parte o vende poco no tiene garantizada esa tarifa. Lo firme que Klap publica sin evaluación es su link de pago, a 2,89% + IVA, que cuesta lo mismo que Mercado Pago a 10 días. Si ya tienes volumen, vale la pena cotizar su checkout y comparar con la tarifa que te confirmen por escrito, no con la del sitio.

Las que no publican una tarifa única

Getnet, de Santander, tiene link de pago y checkout web sin mensualidad, pero su comisión depende del rubro del comercio y no aparece como una cifra única en su sitio. El link de pago tiene un costo de activación de 1,5 UF + IVA, que se descuenta de las ventas. A cambio abona el mismo día, incluso fines de semana. Su checkout web, en cambio, no tiene costo de habilitación y comparte la misma tarifa transaccional.

Fintoc, que automatiza pagos por transferencia desde el checkout, no publica una tarifa única: su sitio dice que el costo depende del medio de pago y del volumen, que las transferencias son lo más barato y que hay que cotizar.

Y un aviso sobre Venti: además de su comisión por transacción, informa en su centro de ayuda un mínimo mensual de $50.000 + IVA en comisiones para los comercios activos, vigente desde el 1 de agosto de 2025. Conviene confirmarlo con Venti antes de contratar, porque el artículo donde lo explica no se pudo abrir en esta revisión. Si vendes poco por esa vía, ese mínimo puede pesar más que la tarifa.

Si vendes en Shopify, hay una comisión más

En Chile, Shopify no ofrece una pasarela de pago propia. Por eso, cuando usas Webpay, Mercado Pago o cualquier otra, Shopify cobra una comisión adicional por cada venta: 2% en el plan Basic, 1% en Grow y 0,6% en Advanced. Se suma a lo que cobra la pasarela.

En la misma venta de $50.000 pagada con crédito en Webpay, eso lleva el costo de $1.398 a $2.398 en el plan Basic. Lo desarrollamos completo, con el punto exacto en que conviene subir de plan, en cuánto cuesta Shopify en Chile.

Lo que cambió con el SII: inicio de actividades

La Ley 21.713, de Cumplimiento de Obligaciones Tributarias, obliga a los administradores y operadores de medios de pago electrónico a exigir la acreditación del inicio de actividades a quienes contraten sus servicios para desarrollar una actividad económica. Según la Circular N°38 del SII, del 30 de abril de 2025, esa exigencia rige desde el 1 de octubre de 2025. Desde el 1 de enero de 2026 deben además verificar el cumplimiento tributario de sus comercios.

Si un operador detecta un incumplimiento, puede seguir prestando el servicio, pero retiene un porcentaje del IVA de cada transacción, que el SII fija por resolución. Flow lo explica en las preguntas frecuentes de su link de pago: quien ofrece productos o servicios con frecuencia debe tener su inicio de actividades al día.

En la práctica, ya no hay una pasarela donde puedas vender de forma habitual sólo con tu RUT personal. Antes de comparar tarifas, conviene tener el inicio de actividades hecho. Si tienes dudas sobre si te corresponde, consúltalo con tu contador.

Cómo elegir

Si recién empiezas: formaliza primero con inicio de actividades, y después Flow o Mercado Pago. Se activan rápido y piden menos papeles que Webpay, y el costo extra frente a Webpay se justifica mientras vendes poco.

Si ya vendes de forma estable: Webpay Plus como pasarela principal, porque su tarifa para comercios nuevos es la más baja firme en tarjetas, y una segunda opción que cubra lo que Webpay no, como Mercado Pago para quien paga con saldo.

Si vendes volumen alto: cotiza el checkout de Klap y negocia con Transbank. A partir de cierto volumen las tarifas publicadas dejan de ser la referencia y lo que importa es la que te confirmen por escrito. Si vendes en Shopify, confirma antes que la pasarela tenga integración con tu tienda.

Si tu ticket es alto o vendes a empresas: suma transferencias con Khipu o Flow. En una venta de $500.000, pagar por transferencia con Khipu en vez de crédito con Webpay te ahorra casi $10.000.

La comparación completa de qué pasarela funciona con cada plataforma, y qué requisitos pide cada una, está en pasarelas de pago en Chile.

Preguntas frecuentes

¿Cuál es la pasarela de pago con menor comisión en Chile?

Para una pyme que paga con tarjeta, Webpay Plus de Transbank: 1,75% + IVA en débito y prepago y 2,35% + IVA en crédito, según su tarifa publicada para comercios nuevos. Klap publica tarifas más bajas para su checkout, desde 0,71% + UF 0,0022 + IVA en débito, pero son referenciales y sujetas a evaluación comercial, así que con poco volumen no están garantizadas. Para transferencias, la más barata es Khipu, con 0,69% + IVA.

¿Las comisiones de las pasarelas incluyen IVA?

No. Transbank, Klap, Mercado Pago, Flow, Khipu y Venti publican sus comisiones más IVA. El IVA de 19% se aplica sobre la comisión, no sobre la venta, así que una tarifa de 2,89% + IVA equivale a un costo real de 3,44% del monto vendido.

¿Por qué Mercado Pago y Flow cobran distinto según el plazo?

Porque te están adelantando la plata. Mercado Pago cobra 3,19% + IVA con el dinero disponible al instante y 2,89% + IVA si esperas 10 días. Flow cobra 3,19% + IVA con abono al día hábil siguiente y 2,89% + IVA al tercer día hábil. Si tu flujo de caja lo permite, esperar es más barato.

¿Shopify cobra comisión además de la pasarela de pago?

Sí. En Chile Shopify no tiene pasarela propia, así que cobra una comisión por usar pasarelas externas como Webpay o Mercado Pago: 2% en el plan Basic, 1% en Grow y 0,6% en Advanced. Esa comisión se suma a la que cobra la pasarela.

¿Necesito inicio de actividades para usar una pasarela de pago?

Si vas a vender de forma habitual, sí. Desde el 1 de octubre de 2025, según la Circular N°38 del SII, los operadores de medios de pago electrónico deben exigir la acreditación del inicio de actividades a quienes contraten sus servicios para una actividad económica. Webpay.cl pide además el RUT de la empresa y su actividad económica, y Flow lo exige a quienes venden con frecuencia.

Fuentes

Todas las tarifas fueron consultadas en los sitios oficiales entre el 3 y el 5 de octubre de 2026, y el valor de la UF usado en los cálculos es el del 3 de octubre. Las pasarelas cambian sus precios, así que antes de firmar conviene confirmarlas en la fuente:

• Transbank: cuánto cobra Webpay por vender por internet
• Klap: checkout para ecommerce
• Klap: link de pago
• Mercado Pago: checkout para sitio web
• Flow: tarifas
• Khipu: tarifas de pagos instantáneos en Chile
• Venti: tarifas del checkout
• Flow: link de pago y preguntas frecuentes
• Fintoc: medios de pago
• SII: Circular N°38 sobre inicio de actividades en medios de pago
• Getnet: link de pago
• Shopify: precios en Chile

En Digitalízame configuramos las pasarelas de pago de cada tienda antes de entregarla, y elegimos la combinación según cómo pagan los clientes de ese negocio. Si estás armando tu tienda, revisa nuestro servicio de ecommerce en Shopify.

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